Historia Kościół jako główna świątynia parafii pw. św. Mikołaja w Bączalu Dolnym, wraz z XIV-wieczną kryptą, został wybudowany najpóźniej w 1667 roku o charakterze obronnym z fundacji ówczesnego właściciela ziem klucza bączalskiego – Jana Łętowskiego. Poświęcony w 1639 przez biskupa Tomasza Oborskiego i uroczyście konsekrowany w 1669 roku zapewne przez biskupa krakowskiego Andrzeja Trzebickiego bądź Mikołaja Oborskiego. Niektóre źródła wskazują, że w XV wieku oraz od końca XVIII do połowy XIX wieku kościół oraz siedziba parafii położone były na terenie należącym do Bączala Górnego. W 1848 do korpusu kościoła dobudowano murowaną kaplicę o powierzchni 30m2. Świątynia poddana została restauracji w 1865 oraz w 1974 roku.
Kościół i jego wartość architektoniczno-zabytkowa zostały dostrzeżone przez historyków sztuki i konserwatorów już pod koniec XIX wieku m.in. przez Stanisława Tomkowicza z Krakowa (1896) czy prof. Tadeusza Szydłowskiego (1928), czyli w czasach kiedy liczne wówczas drewniane świątynie nie budziły wielkiego zainteresowania.