Właściwy wkład Ksenofanesa do filozofii polega na dostrzeżeniu faktu, że bóstwo nie musi być antropomorficzne. Ukształtowana przez Homera i Hezjoda wizja bogów podobnych do ludzi – którzy mają ludzką postać, chodzą, jedzą, piją – została poddana ostrej krytyce. Ksenofanes twierdzi, że bóstwo jest nieruchome i niezmienne, „całe widzi, całe myśli, całe słyszy”. Jak pisze, nie godzi się także przypisywać bogom jakichkolwiek występków.
Warto jednak mieć na uwadze fakt, że bóstwo w filozofii Ksenofanesa istnieje w ramach świata i go nie przekracza – jest immanentne. Ideę transcendencji bóstwa dostrzegamy dopiero u Platona.
Filozofia przyrody Ksenofanes za arché uznawał ziemię (a w części fragmentów także wodę), ale samo pojęcie arché rozumiał inaczej niż jońscy filozofowie przyrody. Pisał:
Wydaje się więc, że Ksenofanes nie rozumiał przez arché naczelnej zasady kosmosu i całej rzeczywistości, ale jedynie byty ziemskie – to właśnie odróżnia jego koncepcję od koncepcji filozofów jońskich.