Podobnie mutacja genu GAMT, którego nieprawidłowe funkcjonowanie determinuje występowanie poważnych zaburzeń rozwoju intelektualnego, zaburzenia rozwoju mowy i padaczkę. Szczególnie obiecujące dla zrozumienia patomechanizmu w zespole Retta są jednak badania nad ekspresją genu BDNF.

Badania na modelu zwierzęcym prowadzone pod kierunkiem Michaela Greenberga pokazały, że MeCP2 wiąże promotora BDNF i reguluje jego transkrypcję. Gen BDNF zlokalizowany jest na chromosomie 11 i odpowiada za kodowanie czynnika neurotropowego pochodzenia mózgowego. Czynnik BDNF należy do grupy neurotrofin – białek regulujących rozwój układu nerwowego, zapobiegających apoptozie neuronów oraz umożliwiających różnicowanie komórek progenitorowych.

Szczególna rola genu MeCP2 polega na okresowym „wyciszaniu” i aktywowaniu genu BDNF w okresie wczesnego rozwoju człowieka. Mutacja MeCP2 w zespole Retta powoduje obniżenie aktywności BDNF a co za tym idzie – nieprawidłowe kształtowanie się połączeń nerwowych.

Szansę na opracowanie skutecznej terapii dają badania przeprowadzone na Uniwersytecie Edynburskim i Uniwersytecie w Glasgow.