W późniejszym czasie McLaughlin podejmował się współpracy z wieloma innymi muzykami, nieraz tymi, z którymi grał w przeszłości. Do ważniejszych wydarzeń należy reaktywacja Guitar Trio w roku 1996, powtórzenie hinduskich klimatów wraz z w latach 1997-2004 czy współuczestniczenie w koncercie Santany Hymns for Peace.
Ostatnio wydanymi płytami są utrzymane w klimatach współczesnego jazzrocka z elementami muzyki etnicznej płyty Industrial Zen i Floating Point oraz firmowana przez Chicka Coreę i Johna McLaughlina jazzrockowa podwójna płyta koncertowa Five Peace Band.
W roku 2003 został sklasyfikowany na 49. miejscu listy 100 najlepszych gitarzystów wszech czasów magazynu Rolling Stone.
Wybrana dyskografia 1969 Extrapolation 1970 My Goals Beyond Devotion 1978 Electric Guitarist Electric Dreams 1982 Belo Horizonte Music Spoken Here 1988 Mediterranean Concerto 1990 Live at the Royal Festival Hall (John McLaughlin Trio) 1991 Que Alegria 1993 Time Remembered J.M. Plays Bill Evans Tokyo Live (Free Spirits featuring John McLaughlin) 1994 After the Rain 1995 The Promise 1997 Heart of