Po wygaśnięciu kontraktu w grudniu 2016 opuścił Szachtar, natomiast 1 stycznia 2017 został zaprezentowany jako nowy zawodnik brazylijskiego Athletico Paranaense2017 год "горняки" начнут без своего нападающего – UA-Футбол.
4 stycznia 2018 roku podpisał roczny kontrakt z Legią WarszawaEduardo da Silva i Domogoj Antolić w Legii Warszawa!. 9 lutego 2018 roku zadebiutował w barwach warszawskiej Legii w wygranym 3:2 meczu 22 kolejki Ekstraklasy z Zagłębiem Lubin. Wszedł na boisko w 46 minucie meczu, zaliczył asystę przy drugim golu Jarosława Niezgody oraz wywalczył rzut karny w doliczonym czasie gry do drugiej połowy meczu. W sezonie 2017/2018 – który zakończył bez gola, z 10. meczami w lidze i 2. w Pucharze Polski – zdobył mistrzostwo i Puchar Polski.
19 sierpnia 2018 wystąpił w swoim jedynym meczu ligowym sezonu 2018/2019, przeciwko Zagłębiu Sosnowiec, wygranym 2:1. 13 września 2018 roku zawodnik został usunięty z listy zgłoszonych do rozgrywek Ekstraklasy, a 13 grudnia 2018 roku Legia poinformowała, że obowiązujący do końca roku kontrakt Eduardo nie zostanie przedłużony. Po odejściu z Legii, Eduardo zakończył karierę piłkarską.
Życie prywatne 10 grudnia 2005 roku Eduardo poślubił Andreę Šok. Para ma dwójkę dzieci - córkę Lorenę (ur. 2006) i syna Mateusa (ur.