Podczas wojny rosyjsko-szwedzkiej 1808−1809 dowodził wpierw dywizją, a potem korpusem. Dowodził tzw. „Ekspedycją alandzką” w 1808 roku, podczas której Zatoka Botnicka znalazła się pod rosyjską kontrolą; zdobył również Wyspy Alandzkie i przeprowadził udany desant w Szwecji.
Podczas wojny rosyjsko-tureckiej w latach 1806–1812 był głównodowodzącym Armii Mołdawskiej (od czerwca 1809 do marca 1810 roku) tocząc walki głównie na lewym brzegu Dunaju. Wojska Bagrationa zdobyły wtedy twierdze: Maczyn, Hirsowa, Izmaił. Pod Rassową rozbił 12-tys. wyborowy korpus turecki, zaś pod Tataricą został pobity w jednej z najcięższych bitew tej wojny i musiał odstąpić od oblężenia Silistry.
Borodino i śmierć W sierpniu 1811 roku Bagration został głównodowodzącym Armii Podolskiej, zaś w marcu roku 1812 – 2 Armii Zachodniej. Przewidując wkroczenie armii napoleońskiej do Rosji, stworzył plan, który miał zapobiec francuskiej agresji. W początkach kampanii napoleońskiej 1812 roku, cofając się w ciężkich bojach na wschód, przerzucił 2 Armię Zachodnią spod Wołkowyska do Smoleńska, gdzie 3 sierpnia połączył swe siły z 1 Armią Zachodnią, którą dowodził generał Michaił Barclay de Tolly. W ten sposób udaremnił zamiar Napoleona, który zamierzał rozdzielić obie armie i zniszczyć każdą z nich z osobna.