W 2005 funkcjonowanie kierowanego przez Wiesława Pomianka przedsiębiorstwa pokrywały częściowo środki przekazywane z budżetu miasta z tytułu ulg przejazdowych; ujemny bilans finansowy stał się powodem do podważania wypracowanego w MPK układu zbiorowego przez radnego SLD Konrada Fijołka. Od 1 stycznia 2008 roku po wydzieleniu z Rzeszowskiej Gospodarki Komunalnej przedsiębiorstwo znów działa jako samodzielna spółka pod nazwą MPK – Rzeszów Sp. z o.o. W 2009 został utworzony Zarząd Transportu Miejskiego w Rzeszowie, który przejął rolę organizatora transportu, pozostawiając MPK zadania operatora.
W 2012 roku zakupiono 80 nowoczesnych, klimatyzowanych i ekologicznych pojazdów. Pierwsze z nich to 30 sztuk Mercedes-Benz O530 Citaro, kolejne 30 to Mercedes-Benz O530 Citaro zasilane gazem ziemnym, a ostatnie 20 sztuk to Autosan Sancity M10LF. Wprowadzono również system biletów elektronicznych i nowoczesny system informacji pasażerskiej. W 2018 roku zakupiono w sumie 50 autobusów. Pierwsze 10 sztuk to Autosan Sancity M12LF, następne 30 to Solaris Urbino 18 (IV) i ostatnie 10 sztuk to Solaris Urbino 12 electric (IV), pierwsze autobusy elektryczne w rzeszowskim MPK. Według stanu z 26 lipca 2019 MPK posiadało najwięcej autobusów napędzanych gazem ziemnym w Polsce – 70 z ogólnej liczby 212 autobusów miejskich.