Były dwie grupy nacji: cismontańskie, dla studentów włoskich, oraz ultramontańskie, dla studentów pozaalpejskich.
Od XV do XVIII wieku uniwersytet przeszedł odrodzenie, szczególnie w dziedzinach medycyny, astronomii, filozofii i prawa. Stało się tak głównie za sprawą protekcji ze strony Republiki Weneckiej, która dała uczelni swobodę i niezależność od wpływów Kościoła rzymskokatolickiego. W tym okresie uniwersytet przyjął motto: Universa universis patavina libertas (Wolność Padwy jest absolutnie dla każdego). 25 czerwca 1678 Elena Lucrezia Cornaro Piscopia została pierwszą kobietą w historii, która otrzymała stopień naukowy w dziedzinie filozofii.
Właściwą pozycję intelektualną uczelnia zyskała dopiero w 1873, zostając jednym z uniwersytetów zjednoczonego Królestwa Włoch, i od tej chwili stał się jednym z bardziej prestiżowych w kraju ze względu na zasługi naukowe i edukacyjne.
Przez ostatnie lata XIX i pierwszą połowę XX wieku miał miejsce proces decentralizacji: wykształciły się instytuty naukowe i przez to prawdziwe kampusy.
W innej części miasta wybudowano nowy budynek dla Wydziału Sztuki i Filozofii (Palazzo del Liviano, zaprojektowany przez Gio Ponti); Obserwatorium Astrofizyczne położone na wyżynach Asiago;