W sezonie 2007 klub po raz pierwszy w historii spadł do I ligi. Polonia Bydgoszcz dotychczas walczyła 5-krotnie w barażach m.in. z Unią Leszno (1968), Stalą Toruń (1973, 1975), Motorem Lublin (1981) oraz GKM Grudziądz (1983). Z każdego dwumeczu wychodziła zwycięsko. W 2008 roku Polonia wygrała rozgrywki I ligi i powróciła do Ekstraligi, jednak dwa lata później po raz drugi w historii spadła do I ligi. W ciągu ponad pół wieku jeżdżenia w najwyższej klasie rozgrywkowej Polonia zdobyła 25 medali DMP, z czego 7 złotych, 7 srebrnych oraz 11 brązowych. Tytuł mistrza Polski udało jej się tylko raz obronić w latach 1997-1998. Bydgoski zespół w ciągu tych wszystkich lat rozegrał 928 meczów, wygrywając 484, remisując 28 oraz przegrywając 416. Łącznie w rozgrywkach ekstraligi zdobył 1002 punkty – jest to rekord polskiego żużla.