Budynek zwrócony był ku wschodowi – w stronę zniszczonej Świątyni Jerozolimskiej, która dla żydów po dziś dzień ma wielkie znaczenie.
Dawniej synagoga była jednym z najbardziej charakterystycznych i najbardziej oryginalnych budynków w mieście. Jej wyróżniającym elementem była wieża zwieńczona kopułą, znajdująca się bezpośrednio nad przedsionkiem.
Najważniejszym miejscem w świątyni była Święta Szafa (aron ha-kodesz), umieszczona na tej ścianie budynku, która wskazywała kierunek Jerozolimy. W niej przechowywano zwoje Tory, czyli Pięcioksięgu Mojżesza. Innym niezbędnym elementem wyposażenia synagogi była bima, czyli podium otoczone balustradką, na którą prowadziły schodki. Z bimy odczytywano Torę i prowadzono modły.
Kłodzką synagogę należy uznać za wyraz kompromisu pomiędzy nurtem reformowanym i konserwatywnym, gdyż zachowała galerię dla kobiet. Owa galeria miała bardzo praktyczne zastosowanie – kobiety mogły modlić się na niej w swoim gronie, a ich widok nie rozpraszał pogrążonych w modlitewnej refleksji mężczyzn.