w źródłach dotyczących ochrony tego obszaru wskazywano m.in. na około 170 gatunków roślin oraz obecność chronionych zwierząt, takich jak bobry, łosie i wilki.
Doliną Sztoły prowadzi czerwony pieszy Szlak Doliny Sztoły z Bukowna (ul. Mostowa) do rozejścia szlaków przy Leśnym Dworze; według serwisu „Szlaki Turystyczne Małopolski” ma on 12,2 km długości. Do rejonu Źródeł Sztoły prowadzi także zielony szlak rowerowy „Do źródła Sztoły”. Na odcinku w Bukownie wzdłuż Sztoły przebiega także fragment Drogi św. Jakuba Via Regia; na części trasy pokrywa się on ze Szlakiem Doliny Sztoły.
Pierwsze 3 km Sztoły były wolne od przeszkód, dzięki czemu w latach 2014–2021 odbywały się na tym odcinku regularne spływy komercyjne. Jest to bardzo prosty odcinek, który nadawał się do spływu z dziećmi lub bikeraftingu i był popularną atrakcją turystyczną regionu. Na trasie spływu, przy zakolu rzeki, znajdowała się plaża. W dalszym odcinku rzeka przyjmowała górski charakter pozostając jednak spławną.
Ze względu na bogactwo przyrodnicze i unikalny krajobraz w dolinie rzeki występują też popularne piesze szlaki turystyczne.