Początkowym ogniwem w tworzeniu polskiego Collegium była Fundacja „Wiedza i Działanie” im. Tadeusza Kotarbińskiego i Ludwiga von Misesa. Założyciele tej fundacji – prakseolodzy Wojciech Gasparski, Anna Lewicka-Strzałecka i Danuta Miller – w 1995 roku powołali do życia organizację Collegium Invisibile. W 1999 roku organizacja uniezależniła się od fundacji – z inicjatywy beneficjentów programu powstało samodzielne stowarzyszenie Collegium Invisibile. Jego pierwszemu Zarządowi przewodniczył Dariusz Jemielniak, przewodnictwo w Radzie Naukowej objął natomiast prof. Piotr Węgleński, rektor Uniwersytetu Warszawskiego; od tej pory te dwie funkcje ex officio są ze sobą związane.
W kolejnych latach zapoczątkowywane były nowe projekty: w 1999 r. – Szkoły Letnie, w 2002 roku rozpoczęto gromadzenie zbiorów biblioteki, a w 2004 roku wystartował program Pierwszy Tutor. W dziesiątą rocznicę swojego istnienia stowarzyszenie przygotowało w Warszawie jubileuszową konferencję międzynarodową Tocqueville: On Democracy in Europe, w której uczestniczyli najwybitniejsi naukowcy z całego świata, m.in. prof. Irena Grudzińska-Gross, prof. Raymond Boudon i prof. Michael Hereth. W roku 2008 po raz pierwszy odbyła się Wioska Olimpijska – obóz letni dla laureatów olimpiad przedmiotowych.