Toksyczność Metanol jest głównie toksyczny pośrednio. Toksyczne są przede wszystkim jego metabolity (aldehyd i kwas mrówkowy). Uszkadzają one bezpośrednio komórki, denaturując białka, działają też szkodliwie na nerwy (szczególnie nerw wzrokowy). Toksyczność metanolu dotyczy zatem przede wszystkim ośrodkowego układu nerwowego, a także nerek, wątroby i serca. W oku, poza nerwem wzrokowym, uszkadzana jest także siatkówka. Oprócz tego kwas mrówkowy powoduje powstanie kwasicy metabolicznej.
Najniższa zanotowana dawka śmiertelna (LDLo) alkoholu metylowego dla człowieka to 143 mg/kg, a LD50 dla szczurów wynosi 1,2–5,6 g/kg (doustnie). Ze względu na metabolizowanie do kwasu mrówkowego utrata wzroku może nastąpić już przy znacznie mniejszej dawce tego alkoholu.