W 221 roku p.n.e., po zjednoczeniu Chin przez dynastię Qin, konfucjanizm został ideologicznie wyparty przez nurt konkurencyjny, a w 213 roku p.n.e. wprowadzono edykt nakazujący niszczenie ksiąg, w tym tekstów konfucjańskich, oraz karanie ich posiadaczy. Okres ten wiązał się z krótkotrwałymi prześladowaniami intelektualnymi, które zakończyły się wraz z upadkiem dynastii Qin. W okresie dynastii Han (206 p.n.e.–220 n.e.) konfucjanizm został stopniowo przywrócony jako ideologia państwowa. Początkowo odwołano wcześniejsze restrykcje, a następnie rozpoczęto rekonstrukcję zniszczonych tekstów oraz ich systematyczne komentowanie. Równocześnie konfucjaniści uzyskali znaczącą pozycję w administracji cesarskiej, co sprzyjało instytucjonalizacji doktryny. Rozwój ten doprowadził do powstania licznych szkół interpretacyjnych oraz rozwoju filologii klasycznej w Chinach. Spory doktrynalne osłabły dopiero pod koniec późnej dynastii Han.
Podstawowe pojęcia konfucjanizmu Konfucjanizm wywodzi się w niemal prostej linii ze starych wierzeń chińskich, w których kluczową rolę odgrywał kult przodków.