Wraz z rozwojem ewolucyjnym mózgu, irracjonalne zachowania nie zostały wyeliminowane bo nie miało to wpływu na przeżycie, a nawet pomagało to przetrwać integrując stada na poziomie społecznym (wspólne przeżycia mistyczne, kult zmarłych, magia plemienna).
Budowa anatomiczna i fizjologia mózgu i wynikające z tego ograniczenia, np. funkcjonowanie pamięci krótkotrwałej(przekłamania w jej zawartości przy napływie dużej ilości danych), czy syndrom fałszywej pamięci (zapamiętane zdarzenia z przeszłości mogą ulec całkowitej przemianie, zmieniają się skojarzenia, na skutek sugestii tworzą się wspomnienia nieistniejących faktów).
Irracjonalność może też być wynikiem choroby neuronalnej lub tymczasowego zaburzenia.
Kulturowe uwarunkowania i społeczna nieświadomość problemu irracjonalności to wynik z braków w wykształceniu, głęboko zakorzenionych naleciałości kulturowych i ogólnie przyjętych stereotypów postępowań charakterystycznych dla danej społeczności i kultury. Ogólna nieznajomość podstawowych zasad statystyki i rachunku prawdopodobieństwa. Mylenie korelacji i związków przyczynowych. Utrwalanie w pamięci społeczeństw tylko tych faktów, które się sprawdziły, zgodnie z intencjami lub przewidywaniami (wiara w proroctwa). Postrzeganie postaw sceptycznych jako zagrożenia dla ładu społecznego i religijnego.