Sytuacja zmieniła się na początku XXI w. wraz z poprawą kondycji sportowej i finansowej Jagiellonii. Na stadionie zaczęła rozgrywać mecze grająca w ówczesnej drugiej lidze Jagiellonia. W 2005 r. za pieniądze klubu odnowiono jedną trybunę i zainstalowano na niej 5 tys. krzesełek. W tym samym roku, na przeciwległej trybunie zamontowano kolejny 1 tys. krzesełek.
W 2006 r. stadion został skomunalizowany, co otworzyło drogę do dalszego unowocześnienia, przy większym niż dotychczas udziale władz miasta. Na początku 2007 r. rozpoczęły się dalsze prace mające na celu dostosowanie stadionu do wymogów ekstraklasy. W budżecie miasta na rok 2007, na modernizację obiektu przeznaczono 5 mln zł. Pierwszą zakończoną inwestycją sfinansowaną przez budżet Białegostoku była instalacja podgrzewanej płyty boiska i ułożenie nowej murawy w marcu 2007 r. Koszt tej inwestycji wyniósł 3 mln 900 tys. zł. Umożliwiła ona rozgrywanie meczów niezależnie od warunków pogodowych. W lipcu 2007 r. zostały powiększone i wyremontowane szatnie, zbudowano także nowoczesną salę konferencyjną, pokój do badań antydopingowych oraz pokój dla delegata PZPN. Na początku sierpnia oddano do użytku nową trybunę z 3 tys. miejsc stojących (pojemność stadionu zwiększyła się do około 10 tys. miejsc) oraz zadaszenie trybuny VIP.