Po restauracji panowania Stuartów Po odzyskaniu tronu przez kolejnego Stuarta, Karola II, Rupert powrócił do służby w Anglii, otrzymując dożywotnią rentę i stając się członkiem Rady Królewskiej. Nigdy już nie toczył walk na lądzie, lecz mianowany admirałem (jak George Monck i Robert Blake), sprawdził się podczas drugiej wojny angielsko-holenderskiej. Jako naczelny wódz floty angielskiej od czerwca 1666, odniósł zwycięstwo w bitwie pod North Foreland. Natomiast jego działania w trzeciej wojnie angielsko-holenderskiej skończyły się poniżającymi porażkami w bitwach pod Schooneveld i pod Texel.
Po zakończeniu około 1674 roku służby czynnej został emerytowany i zajął się badaniami naukowymi. Uważany jest za współwynalazcę techniki mezzotinty, którą wprowadził do Anglii i rozwinął kilka związanych z nią metod. Przypisuje mu się również wynalazek nowego rodzaju prochu strzelniczego oraz stopu zwanego „książęcym metalem” (zawierającego 75% miedzi, 25% cynku) i wyglądem bardzo przypominającego złoto. W latach 1640–1650 wynalazł tzw.