Podczas II wojny światowej hitlerowcy doszczętnie zdewastowali wnętrze bożnicy, które przez pewien czas było użytkowane jako magazyn oraz warsztat. Budynek synagogi przetrwał tylko dlatego, że znalazł się po aryjskiej stronie miasta. Po zakończeniu wojny bożnica została gruntownie wyremontowana i ponownie dostosowana do potrzeb kultu religijnego. W 1984 ze względu na brak minjanu w bożnicy zawieszono odprawianie nabożeństw szabatowych oraz świątecznych.
W 1987 r., w 45. rocznicę likwidacji getta lubelskiego, synagoga przeszła remont i obecnie okazjonalnie odbywają się tutaj uroczystości religijne. Wnętrze zostało podzielone na trzy pomieszczenia, gdzie w większym, obejmującym główną salę modlitewną, z inicjatywy Symchy Wajsa urządzono Izbę Pamięci Żydów Lublina, w której prezentowane są sprzęty liturgiczne, zdjęcia, dokumenty, kilka zwojów Tory, stare księgi oraz inne ciekawe eksponaty. W tym samym roku w synagodze odbyła się jak dotąd ostatnia w Lublinie bar micwa Jakuba Muszkatblita, prawnuka talmudysty Dawida Muszkatblita.
27 maja 1995 nieznani sprawcy włamali się do synagogi rabując cenne eksponaty oraz sprzęt liturgiczny. Ocalał jedynie jad, odnaleziony następnego dnia po włamaniu na śmietniku. Złodzieje jednak nie zrabowali cennego księgozbioru. Do dziś udało się odtworzyć tylko część bogatej kolekcji.