APG II – Akronim drugiej wersji systemu APG klasyfikującego rośliny okrytonasienne ściśle w oparciu o kryterium filogenetyczne. System ten opublikowany został przez taksonomów skupionych w Angiosperm Phylogeny Group w roku 2003Angiosperm Phylogeny Group. 2003. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG II. Botanical Journal of the Linnean Society 141: 399-436. Dostępny online: Abstrakt, Pełny tekst (HTML), Pełny tekst (PDF). . jako zrewidowana wersja systemu APG IAngiosperm Phylogeny Group. 1998. An ordinal classification for the families of flowering plants. Annals of the Missouri Botanical Garden 85: 531–553..
System APG II (2003) jest następcą systemu APG I (1998). Taksonomowie śledzący postępy w zakresie badań molekularnych aktualizują i uszczegóławiają na bieżąco system. Przykładem takiego przedsięwzięcia jest Angiosperm Phylogeny Website. W 2009 opublikowana została zmieniona wersja systemu oznaczona jako system APG IIIAngiosperm Phylogeny Group (2009). An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III.