Obecnie organizuje je ponad 120 miast Europy.
W Polsce pierwszą Noc Muzeów zorganizowano w 2003 w poznańskim Muzeum Narodowym.
W Krakowie pierwsza Noc Muzeów odbyła się w maju 2004. O północy zabrzmiała wtedy „Oda do radości”, a w niebo poleciały ognie sztuczne. „Biletem wstępu” do obiektów uczestniczących w akcji jest pamiątkowa moneta w symbolicznej cenie 1 złoty. Okazjonalną monetę można zakupić w muzeach uczestniczących w akcji, a także w zabytkowym tramwaju kursującym wraz z przewodnikiem podczas imprezy. „Złotówka” jest wielokrotnym biletem wstępu do różnych obiektów muzealnych, a także „biletem” upoważniającym do jazdy specjalnymi tramwajami. W Krakowie jako w jedynym polskim mieście Noc muzeów odbywa się z piątku na sobotę, a obiekty można zwiedzać od 18 do 3 w nocy.
W Warszawie pierwsza Noc Muzeów odbyła się w 2004 roku i co roku od tamtego czasu wydarzenie jest koordynowane przez Miasto Stołeczne Warszawa. W czasie pierwszej edycji do Nocy zgłosiło się 11 placówek (same muzea) – zwiedziło je wówczas 16 tysięcy osób. Między placówkami jeździły dwa stare autobusy – tzw. „ogórki”, które w kolejnych latach zagościły jako stały punkt programu. W 2012 roku na liście było już 206 placówek i ponad 200 tys. zwiedzających w czasie jednej nocy.