Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Chorwacji Balaban debiutował 16 sierpnia 2000 roku w zremisowanym 1:1 meczu z reprezentacją Słowacji. Był to udany debiut, gdyż Balaban, który poprzednio grał w zespole Under-21, zdobył bramkę dla Chorwatów. Zagrał bardzo dobrze podczas kwalifikacji do Mistrzostw Świata 2002, kiedy to z 5 golami został najlepszym strzelcem Chorwatów (zdobył m.in. hat-tricka z Łotwą). Został więc powołany do kadry na te mistrzostwa, jednak nie zagrał na nich ani minuty. Po Mirko Joziciu, za czasów którego Balaban grał w reprezentacji, nastał czas Otto Baricia – wtedy to Balaban ani razu nie zagrał w reprezentacyjnych barwach. Dopiero za kadencji kolejnego selekcjonera Zlatko Kranjčara Boško powrócił do reprezentacji. Grał w kwalifikacjach do Mistrzostw Świata w Niemczech, podczas których zdobył 2 bramki. Kranjčar powołał go również do 23-osobowej kadry na same finały. Jednak drugie mistrzostwa w karierze Balaban przesiedział całe na ławce rezerwowych.
We wrześniu 2006 roku został tymczasowo wykluczony z kadry narodowej, podobnie jak jego koledzy z drużyny Darijo Srna i Ivica Olić, po tym, jak opuścił obóz szkoleniowy, aby iść do klubu nocnego, choć później został przywrócony.