Na skutek rozłamu w światowych szachach od 1993 do 2006 roku mistrzowie świata wyłaniani byli w dwóch konkurencyjnych systemach rozgrywek, organizowanych przez FIDE i przez organizacje zakładane przez Kasparowa. W 2003 roku planowano rozegranie czternastopartiowego meczu pomiędzy Ponomariowem a Kasparowem. Zwycięzca tego meczu miał się spotkać ze zwycięzcą meczu Władimira Kramnika z Péterem Lékó. Te rozgrywki miały na celu wyłonienie niekwestionowanego mistrza świata, jednak Ponomariow odmówił przystąpienia do nich.
W październiku 2003 Ponomariow został pierwszym arcymistrzem zdyskwalifikowanym podczas oficjalnych zawodów za używanie telefonu komórkowego. Zdarzyło się to w czasie drużynowych mistrzostw Europy w Płowdiwie (podczas partii z Jewgienijem Agrestem), Ponomariow wbrew regulaminowi zapomniał wyłączyć telefon przed rozpoczęciem partii.
Pod koniec 2005 wystąpił w Pucharze Świata w Chanty-Mansyjsku, awansując do finału, w którym przegrał z Lewonem Aronianem2005 World Cup.. W styczniu 2006 roku triumfował w turnieju w PampeluniePonomariov wins Pamplona.. W tym samym roku zwyciężył również (wraz z Péterem Lékó i Lewonem Aronianem) w bardzo silnie obsadzonym memoriale Michaiła Tala w Moskwie.