na łamach „Tygodnika Powszechnego” ukazał się esej Jana Błońskiego „Biedni Polacy patrzą na getto”, który odegrał wielką rolę w historii dialogu polsko-żydowskiego.
Od lat 90. niechętna „Tygodnikowi” była część kościelnej hierarchii, która krytykowała zbyt liberalną, jej zdaniem, formułę pisma (odzwierciedla to poniekąd prawie nieobecny kolportaż parafialny pisma). W 1998 r. Maria Zmarz-Koczanowicz zrealizowała film pt. „Zwyczajna dobroć” opowiadający o Jerzym Turowiczu. Po śmierci Jerzego Turowicza w 1999 r. redaktorem naczelnym Tygodnika został ks. Adam Boniecki. W kwietniu 2005 doszło do zwolnienia przez ks. Bonieckiego kierownika działu politycznego pisma red. Krzysztofa Burnetki z powodu opublikowania przezeń na łamach Gazety Wyborczej niezakwalifikowanego wcześniej do druku w Tygodniku kontrowersyjnego w treści i tytule artykułu „Nowe idzie, stare jedzie”Konflikt w Tygodniku Powszechnym..
Od 2003 w ramach portalu Onet.pl działa oficjalna witryna internetowa „Tygodnika Powszechnego”.