Pod koniec roku 2010 upubliczniona została decyzja prowincjała zgromadzenia księży marianów, ks. Pawła Naumowicza MIC, który nakazał ks. Adamowi Bonieckiemu rezygnację z kierowania pismem z uwagi na wiek (Boniecki miał wtedy 76 lat) i powrót do domu zakonnego w Warszawie. W marcu 2011 kierownictwo redakcji objął wieloletni zastępca ks. Bonieckiego, Piotr Mucharski, zaś sam ks. Boniecki został zaproszony do kontynuowania współpracy z redakcją w charakterze redaktora seniora, piszącego m.in. artykuły wstępne do kolejnych numerów. W grudniu 2011 Grupa ITI wycofała się kapitałowo ze spółki wydającej „Tygodnik”, nieodpłatnie przekazując wszystkie swoje udziały Fundacji Tygodnika Powszechnego, która tym samym stała się samodzielnym właścicielem pisma. We wrześniu 2014 roku część udziałów posiadła Fundacja Centrum Kopernika.
„Tygodnik Powszechny” współpracował z Religia.tv i Discovery Historia. Od roku 2007 wokół czasopisma funkcjonują Kluby „Tygodnika Powszechnego” w kilkudziesięciu miastach w Polsce i poza jej granicami.
Na początku 2014 roku, by przyciągnąć nowych czytelników, pismo zmieniło logo, format i szatę graficzną.