Wypadek i śmierć 26 listopada 1943 Warburton uległ wypadkowi podczas jazdy jeepem, doznając złamań i obrażeń, na skutek których musiał przejść długie leczenie i rehabilitację. Opuścił szpital w styczniu 1944 roku, nie był jednak zdolny do służby bojowej. Warunkowo dopuszczono go tylko do lotów na dwusterach. Dzięki znajomości z płk. Elliotem Rooseveltem, dowodzącym 106. Grupą Rozpoznania Strategicznego lotnictwa amerykańskiego bazującą w Mount Farm w Oxfordshire w Wielkiej Brytanii, Warburton został mianowany oficerem łącznikowym RAF w dowództwie amerykańskim.
Odstawienie od latania wpływało źle na psychikę Warburtona. Zdołał w końcu uzyskać nieregulaminową zgodę na wykonanie lotu bojowego na samolocie Lockheed F-5B – rozpoznawczej wersji myśliwca P-38 Lightning, należącym do 27. Dywizjonu Rozpoznawczego USAF i 12 kwietnia 1944 roku wystartował z Mount Farm na zadanie fotografowania celów w południowych Niemczech, m.in. fabryki łożysk tocznych w Schweinfurcie. Po wykonaniu zadania miał spotkać się z drugim F-5B (pilot Carl Chapman) i wylądować na Sycylii, jednakże nie powrócił z zadania. Został następnie uznany za zaginionego.