Podczas ataku dochodzi do konfrontacji Logana ze Strykerem, który zwraca się do niego „Wolverine” i zachowuje się, jakby go znał i wiedział o jego przeszłości.
Zmiennokształtna Mystique zdobywa informacje o więzieniu Magneto i pomaga mu uciec. Odnajduje również schematy drugiego Cerebro. Logan, Rogue, Iceman i Pyro ukrywają się u rodziców Icemana w Bostonie. Tam spotykają się ze Storm, Jean i Nightcrawlerem. Ich odrzutowiec zostaje zaatakowany przez myśliwce wojskowe podczas powrotu do posiadłości i zestrzelony, ale Magneto ratuje ich przed rozbiciem się. Magneto wyjaśnia grupie, że Stryker zbudował drugi Cerebro i planuje użyć go przy pomocy Xaviera, aby zabić wszystkich mutantów. Syn Strykera, Jason, jest mutantem z mocą kontrolowania umysłu, którego Stryker planuje wykorzystać, aby zmusić do współpracy Xaviera. Magneto informuje Wolverine’a, że Stryker jest człowiekiem, który wszczepił w jego szkielet adamantium i odpowiada za jego amnezję. Jean wyczytuje w myślach Nightcrawlera lokalizację bazy, która znajduje się pod ziemią w pobliżu tamy nad jeziorem Alkali.