W szkole za „panowania” pijarów nauczano przedmiotów: język polski, religia (nauka chrześcijańska), nauka moralna, łacina, historia, geografia, logika, matematyka, fizyka i mechanika, historia naturalna, język niemiecki, język francuski, rysunki i wychowanie fizyczne. Do szkoły przyjmowano po opanowaniu nauczania początkowego. Wiek, jak wszędzie, był bardzo zróżnicowany.
Szkoła w epoce Księstwa Warszawskiego (1807–1814) Łomża w okresie Księstwa Warszawskiego była głównym miastem departamentu augustowskiego. Biuro departamentu utworzono w gmachu szkoły pijarskiej, ta więc musiała zniknąć z planu ówczesnej Łomży. Szkołę reaktywowano w 1811 roku. Upadła wraz z Księstwem Warszawskim w 1814 roku.
Szkoła Wojewódzka (1815–1834) Ponownie szkołę powołano do życia w 1815 roku, kiedy to powstało Królestwo Polskie. Szkoła miała wówczas charakter pełnej szkoły średniej. Nauka trwała tu siedem lat (6 klasa trwała 2 lata).