Do szyfrowania danych w środowisku domowym lub firmowym poza domeną Windows 2000 lub Windows Server 2003 bardziej wskazane są programy do szyfrowania danych niezależne od EFS czy NTFS w ogóle.
Cechy NTFS v3.0 zawiera kilka nowych funkcji w stosunku do swoich poprzedników: obsługę plików rzadkich, przydziały dysków, punkty ponownej analizy, Śledzenie łączy rozproszonych oraz szyfrowanie na poziomie plików zwane Encrypting File System (EFS).
księgowanie – (od NTFS 3.0 w Windows 2000); wewnętrzny dziennik zmian znacząco poprawia ochronę danych przed błędami zapisu; wspomaga przy tym działanie narzędzi dyskowych, takich jak CHKDSK; szyfrowanie plików i katalogów – (od NTFS 3.0 w Windows 2000) przy pomocy nakładek tworzących EFS – Encrypting File System – nie jest jednak możliwe zaszyfrowanie plików systemowych; od Windows XP, podsystem EFS dostępny jest tylko w wersjach Professional lub wyższych (i ich odpowiednikach, np.