W latach 1641 i 1642 ukazało się 5 traktatów o tematyce religijnej, będących przede wszystkim purytańską krytyką katolicyzmu. Najważniejsze z nich to Of Reformation Touching Church Discipline in England (O reformacji kościoła w Anglii) i The Reason of Church Government Urged against Prelaty (Racja istnienia rządu kościelnego). W 1644 roku wydana została broszura Education, mówiąca o konieczności reformy państwowych uniwersytetów, oraz Areopagitica – traktat przeciwko cenzurze dzieł drukowanych.
Śmiałe pióro Miltona zostało dostrzeżone przez samego Cromwella, który mianował go sekretarzem do spraw korespondencji zagranicznej (w języku łacińskim) przy Radzie Państwa. W tym okresie, po egzekucji Karola I w 1649 roku, powstała m.in. broszura Pro populo anglicano defensio (Obrona narodu angielskiego). Żmudna praca w kancelarii i długoletnie nadwerężanie wzroku podczas czytania i pisania doprowadziły Miltona w 1657 roku do ślepoty.
W tym samym roku Milton po raz drugi się ożenił – z Catharine Woodcock, która zmarła przy urodzeniu dziecka 15 miesięcy później.