Najważniejsze publikacje Rozmowy niedokończone, Znak, Warszawa, 1974. Notes, Znak, Kraków, 1977. Budowa kościołów w diecezji przemyskiej, Paryż, 1979. Kalendarium życia Karola Wojtyły, Znak, Kraków, 1983. Notes rzymski T. 1: listopad 1979 – listopad 1981, Znak, Kraków, 1988. Notes rzymski T. 2: 13 grudnia 1983 – 13 kwietnia 1986, Znak, Kraków, 1989. Vademecum generała czyli Czego nie robić i co robić kiedy władza wpadnie ci w ręce, Wydaw. Księży Marianów, Warszawa, 1999. Meditationes: Droga Krzyżowa na Mariankach, Stowarzyszenie Pomocników Mariańskich Zgromadzenia Księży Marianów : Wydawnictwa Artystyczne i Filmowe, Warszawa, 2000. Kościół w świecie zmieniającej się kultury, Uniwersytet Śląski, Katowice, 2002. Zrozumieć papieża: rozmowy o encyklikach, wraz z Katarzyną Kolendą-Zaleską, Znak, Kraków, 2003. Trzeba czasem zażartować: alfabet księdza Bonieckiego, wraz z Karoliną Morelowską, Warszawa, Wydawnictwo Zwierciadło, 2011. Lepiej palić fajkę niż czarownice, Znak, Kraków, 2011. Vademecum, Wydawnictwo PROMIC, Warszawa, 2012. Zakaz palenia, Tygodnik Powszechny, Znak, Kraków, 2014. Abonent chwilowo nieosiągalny, 2015. Powroty z bezdroży Notatki na marginesach Biblii, WAM, 2017. Testament Wydawnictwo Poznańskie, 2024.