Marynarki Wojennej RP w Gdyni.
1 września 1991: Wprowadzenie opracowanego przez nauczycieli III LO autorskiego programu nauczania i wychowywania (innowacja pedagogiczna). Utworzenie uniwersyteckich klas „matematyczno-informatycznych” (klasy „M” – nauczyciel matematyki Wojciech Tomalczyk).
1993: Tytuł najlepszej szkoły w Polsce w rankingu opracowanym przez pismo „Polityka” (pierwszy ranking szkół w polskiej prasie). 1 września: Utworzenie pierwszych w Polsce, równolegle do XXXIII LO w Warszawie, klas o profilu matury międzynarodowej – International Baccalaureate z wykładowym językiem angielskim (koordynator programu IB – Beata Gilis). Pełna nazwa liceum brzmi odtąd: III Liceum Ogólnokształcące im. Marynarki Wojennej RP w Gdyni Gdynia International Baccalaureate School No. 0704.
1995: Maj: Pierwsza w historii polskiej oświaty matura międzynarodowa. Październik: Utworzenie Centrum Szkoleniowego Fundacji Batorego w III LO: ekonomia stosowana, przedsiębiorczość, debaty szkolne, firmy uczniowskie (koordynator: Waldemar Kotowski).
1996: Złoty medal na międzynarodowej olimpiadzie informatycznej zdobywa Jakub Pawlewicz z klasy IV M. Tytuł SUPERLICEUM w rankingu szkół licealnych pisma „Polityka”. Wrzesień: wizyta w szkole pani Jolanty Kwaśniewskiej – żony prezydenta RP.