30 czerwca 2008 zakończył karierę piłkarską i zaledwie dzień po zakończeniu kariery zawodowej, podpisał pełny trenerski kontrakt.
Od 19 marca 2009 do 11 grudnia tego samego roku, prowadził FC Lustenau 07.
10 maja 2010 podpisał kontrakt z WAC/St. Andrä, z którym wygrał 2. Ligę i awansował do Bundesligi.
17 czerwca 2013 rozstał się z klubem i podpisał kontrakt z Austrią Wiedeń. Z nowym klubem zdołał się zakwalifikować do fazy grupowej Ligi Mistrzów 2013/2014, pokonując w dwumeczu Dinamo Zagrzeb 4:3. Bjelica został zwolniony 16 lutego 2014. Jego kontrakt z klubem był ważny do końca sezonu, jednak zgodnie z klauzulą mógł być przedłużony w przypadku awansu Austrii do europejskich pucharów. Austria Wiedeń nie zakwalifikowała się do Ligi Europy UEFA, przez co kontrakt wygasł.
22 czerwca 2014 przeniósł się do Spezii Calcio, którą prowadził nieco ponad rok.
30 sierpnia 2016 trafił do Lecha Poznań, który prowadził przez prawie 2 lata.
15 maja 2018 wrócił ponownie do ojczyzny aby poprowadzić Dinamo Zagrzeb. Z tamtym klubem osiągnął mistrzostwo (2 razy) i puchar Chorwacji. 16 kwietnia 2020 roku przestał prowadzić ten klub.