W ciągu 1940 r. S. Witkowskiemu udało się zorganizować bardzo sprawną strukturę organizacyjną, która przekazywała informacje wywiadowcze bezpośrednio wywiadowi brytyjskiemu za pośrednictwem Krystyny Skarbek i ośrodka w Budapeszcie. Sam wielokrotnie dokonywał inspekcji głęboko zakonspirowanych ośrodków leżących na terenie Niemiec w przebraniu wysokiego oficera SS jako baron August von Thierbach. W Warszawie w kilku punktach zorganizował przedsiębiorstwa produkcyjne, których zyski były przeznaczane na rzecz organizacji.
Na przełomie 1940/1941 r. nawiązał, prawdopodobnie na polecenie polskich władz podziemnych: Delegatury Rządu na Kraj i Związku Walki Zbrojnej, współpracę z niemieckim wywiadem wojskowym w zakresie rozpracowywania sytuacji na byłych wschodnich terenach Polski, zajętych po 17 września 1939 r. przez ZSRR. Zdobyte informacje były jednocześnie przesyłane do Londynu.
W październiku 1941 r. osobiście powitał w Krakowie marszałka Edwarda Śmigłego-Rydza, który przybył w tajemnicy z Węgier, a następnie przydzielił mu w Warszawie ochronę spośród własnych podkomendnych.