W maju 1941 r. płk Adam Epler, który spotkał S. Witkowskiego z jego oddziałem we wrześniu 1939 r., złożył wniosek o odznaczenie go Orderem Virtuti Militari V klasy za jego postawę z tamtego okresu.
W styczniu 1943 r. jeden z członków grupy egzekucyjnej AK sam stał się obiektem zamachu na swoje życie dokonanego przez żołnierzy Konfederacji Narodu. Było to związane z faktem, że S. Witkowski miał silne kontakty z KN, a nawet w lipcu 1942 r. osobiście uczestniczył w akcji uwolnienia 5 żołnierzy KN z więzienia na ul. Daniłowiczowskiej w Warszawie.
Kontrowersje Według hipotez niektórych badaczy S. Witkowski na przełomie 1941 i 1942 r. prowadził bardzo tajemniczą grę w celu porozumienia się z Niemcami. Nawiązał też kontakt z przebywającym na Węgrzech marszałkiem E. Śmigłym-Rydzem oraz byłym premierem Leonem Kozłowskim. W grudniu tego roku S. Witkowski, za wiedzą Niemców, wysłał swojego bliskiego współpracownika por. C. Szadkowskiego z tajną misją do ZSRR do dowódcy Armii Polskiej w ZSRR gen. Władysława Andersa. Miał on przekazać rozkaz podjęcia współpracy z Niemcami przeciwko Sowietom (przejście na drugą stronę frontu wraz z całą Armią), rzekomo wydany przez marszałka E. Śmigłego-Rydza.