Chloroplastowy DNA, plastydowy DNA (chlDNA) – materiał genetyczny w postaci kolistego DNA znajdujący się w chloroplastach.
Typowa cząsteczka DNA w chloroplastach u roślin oraz u większości glonów ma formę kolistą. Koduje około 100 genów, najmniej z dotychczas zbadanych organizmów kodowanych jest w DNA chloroplastów zarodźca malarii - około 70, organizm który ewolucyjnie utracił zdolność do przeprowadzania fotosyntezy, a najwięcej w DNA chloroplastów krasnorostów - około 300.
Chloroplasty, podobnie jak mitochondria, zawierają własny materiał genetyczny. Wielkość chloroplastowego genomu u roślin wyższych to np. około 150 kpz (szpinak) lub 120 kpz (groch). Niektóre chloroplasty posiadają wiele kopii chlDNA. Różnice w rozmiarze są wynikiem delecji fragmentu większego genomu, dzięki czemu powstaje mniejszy genom chloroplastowy. Geny w chloroplastach roślin wyższych są konserwatywne, a częstość mutacji jest stosunkowo niska. Chloroplastowy DNA posiada introny. Genom koduje wszystkie rRNA, tRNA i 45 białek. Wiele z tych białek zaangażowanych jest w proces fotosyntezy. Istnieją międzygatunkowe różnice chlDNA, ale głównie dotyczą one roślin wyższych i glonów, które także zawierają chloroplastowy DNA.