Wykonanie sondy do mikroskopu STM wbrew pozorom jest stosunkowo łatwe, znacznie trudniejsze jest wykonanie ostrza do mikroskopu AFM. Najprostszą metodą otrzymania sondy do mikroskopu STM jest ucięcie drutu nożyczkami bądź przecinakiem pod kątem 45° – nożyce i drut wcześniej muszą być oczyszczone. Najczęściej sondy STM otrzymuje się poprzez elektrochemiczne trawienie (np. w 30% roztworze KOH), trawienie odsłania strukturę kryształu, a po selekcji można wybrać odpowiednie ostrze.
130pxIgła idealna 130pxIgła rzeczywista Rysunek 2. Skanowanie powierzchni próbki atomowo płaskiej przez sondę STM.
Jednym z największych problemów urządzeń STM i AFM jest czułość na drgania zewnętrzne. Drgania te mają amplitudę rzędu μm, czyli są co najmniej 1000 razy większe niż odległość sondy od powierzchni próbki. Aby nie dochodziło do niekontrolowanych zderzeń sondy z powierzchnią próbki, potrzebne są dodatkowe systemy tłumiące drgania. Początkowo był to duży problem dla konstruktorów tych urządzeń, lecz istniejące obecnie systemy antywibracyjne pozwalają działać tym urządzeniom nawet na wyższych piętrach budynków. Źródłami drgań są: ruch samochodowy, kroki, czy nawet hałas.