Organem wydającym zaświadczenie będzie dyrektor oddziału IPN. Postępowanie przed organem zaświadczającym powinno być według ustawy zakończone bez zbędnej zwłoki, nie później niż w terminie 12 miesięcy od dnia złożenia podania. Organem odwoławczym będzie Prezes IPN. Na postanowienie wydane przez organ odwoławczy, które będzie kończyć postępowanie w sprawie wydania zaświadczenia, stronie będzie przysługiwać skarga do wojewódzkiego sądu administracyjnego.
Prezes IPN będzie prowadził rejestr zaświadczeń, każde zaświadczenie będzie przechowywane w formie odpisu oraz w formie elektronicznej (cyfrowej) kopii tego odpisu. Każdy będzie miał prawo dostępu do informacji zawartych w informatycznej bazie zaświadczeń rejestru, a powszechny dostęp ma być zapewniony poprzez internet. Z wyjątkiem danych adresowych i numeru PESEL, informacje zawarte w rejestrze nie będą podlegały ochronie danych osobowych.
Ustawa po nowelizacji przedstawionej przez Prezydenta Ustawa z 18 października 2006 została nowelizowana 14 lutego 2007 na skutek inicjatywy legislacyjnej Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego i weszła w życie 15 marca 2007.