Depresja jest związana ze zwiększonym ryzykiem wystąpienia myśli samobójczych, samouszkodzeń i samobójstwa, ryzyko to utrzymuje się do czasu wystąpienia wyraźnej remisji – w przypadku braku poprawy w pierwszych lub następnych tygodniach leczenia, pacjent powinien pozostawać pod ścisłą kontrolą aż do czasu, kiedy wystąpi poprawa.
Podczas leczenia pacjentów z innymi niż depresja zaburzeniami psychicznymi, należy zachować podobne środki ostrożności jak w przypadku leczenia pacjentów z epizodem depresji. Pacjenci z dużym ryzykiem wystąpienia myśli i prób samobójczych, z zachowaniami lub myślami samobójczymi w wywiadzie, lub ci, którzy przed rozpoczęciem terapii wykazywali znacznego stopnia nasilenie myśli samobójczych, powinni podczas leczenia pozostawać pod ścisłą kontrolą.
Wśród młodych dorosłych pacjentów w wieku 18-29 lat występuje możliwość zwiększonego ryzyka zachowań związanych z samobójstwem – osoby te podczas leczenia powinny pozostawać pod ścisłą kontrolą. Z powodu ryzyka wystąpienia zespołu serotoninowego nie należy stosować paroksetyny w leczeniu skojarzonym z prekursorami serotoniny (np. L-tryptofan, oksytryptan). Należy zachować ostrożność podczas stosowania paroksetyny u pacjentów z manią w wywiadzie.