Główną wadą tej metody jest fakt, że pulsary są dosyć rzadkie i dlatego stanowią niewielką część wszystkich układów planetarnych. Ponadto odkrywane w ten sposób układy znacznie różnią się warunkami od naszego i znane nam życie nie mogłoby tam istnieć.
Tranzyt thumb|200px|Tranzyt ciała niebieskiego nieznacznie zmniejsza blask gwiazdy Tranzyt oznacza przejście ciała niebieskiego przez tarczę innego ciała niebieskiego. Gdy planeta przesłania częściowo gwiazdę, można ją wykryć analizując nieznaczne osłabienie jasności tej gwiazdy.
Metoda ta ma dwie wady. Po pierwsze tranzyt może zajść jedynie dla planet, których orbity przecinają linię obserwacji gwiazdy. Nawet dla planet na bardzo ciasnych orbitach zdarza się to najwyżej w 10% przypadków. Dla planet na dalszych orbitach zachodzi to znacznie rzadziej. Jednak dzięki temu, że zmian jasności można jednocześnie szukać na dużym obszarze nieba, potencjalnie w ten sposób można znajdować wiele planet.
Po drugie metoda ta generuje dużo błędnych sygnałów. Istnieje wiele przyczyn, dla których światło gwiazdy może czasowo osłabnąć, dlatego wykrycie w ten sposób planety wymaga dodatkowego potwierdzenia – zwykle za pomocą pomiaru efektu Dopplera.