Gdy wojska radzieckie ponownie zajęły Kresy i Litwę, przez pewien czas służył „pod jurysdykcją Armii Czerwonej i NKWD”. Na przełomie 1944 i 1945 miał pełnić służbę na Wileńszczyźnie oraz w okolicach Kowna. Ten epizod w jego życiorysie pozostaje najbardziej kontrowersyjny i niewyjaśniony. Według źródeł litewskich Rudnicki był w tym okresie etatowym pracownikiem radzieckich służb specjalnych, pełniącym funkcję pełnomocnika okręgowego wydziału NKWD w gminie Hoduciszki. On sam zaprzeczał jednak, jakoby był etatowym funkcjonariuszem NKWD, przyznając jedynie, że NKWD wykorzystywało jego dawny oddział partyzancki do różnych zadań, które we wspomnieniach opisywał jako „zwalczanie wrogich elementów”, w tym głównie „litewskich, nazistowskich kolaborantów”, „litewskich nacjonalistów”, a także niemieckich żołnierzy, którzy po rozbiciu oddziałów usiłowali przedrzeć się na drugą stronę frontu. Andrzej Żbikowski podkreślał, że rekrutowanie byłych partyzantów było w tym czasie standardową praktyką NKWD, stąd trudno przesądzać, do jakiego stopnia praca Rudnickiego w radzieckich organach bezpieczeństwa była kwestią jego własnego wyboru.

W czasie Zagłady straciło życie ponad 30 członków jego rodziny, w tym oboje rodzice.