Fontane zmarł 20 września 1898 roku w Berlinie. Jako członek francuskiej gminy reformowanej został pochowany na Cmentarzu II w berlińskiej dzielnicy Mitte. Jego żona Emilie spoczęła u jego boku cztery lata później. Jego grób, objęty honorowym patronatem władz Berlina, znajduje się w polu B-35/36-16/17.
Znaczenie Fontane uważany jest za wybitnego przedstawiciela niemieckiego realizmu mieszczańskiego. W swoich powieściach udaje mu się w bardzo trafny sposób charakteryzować osoby za pomocą ich zewnętrznej postaci, ich otoczenia, a w szczególności sposobu mówienia. Charakterystyczne dla jego dzieł są konwersacje w zamkniętych kręgach np. podczas uczty, kiedy ludzie z jednej strony przestrzegają konwencji społecznych, a z drugiej strony zdradzają swoje prawdziwe intencje – często wbrew własnej woli. Krytyka pojedynczej osoby jest często wstępem do bardziej uwikłanej krytyki społecznej. Ponadto do elementów jego stylu literackiego zalicza się również ironię.
Dzieła Theodor Fontane był autorem wielu odmiennych rodzajów tekstów.