2 grudnia 2007 niemiecki pisarz żydowskiego pochodzenia Ralph Giordano wycofał swoje poparcie dla idei Centrum przeciwko Wypędzeniom. Giordano, który jako ofiara prześladowań nazistowskich przeżył Holocaust, powiedział, że zbrodni popełnionych w czasie wypędzeń na Niemcach nie można usprawiedliwiać wcześniejszymi zbrodniami niemieckimi, skrytykował jednak pomysł utworzenia Centrum przeciwko Wypędzeniom podkreślając, iż nie można jego zdaniem, forsować historii wypędzeń, a wcześniejsze zbrodnie niemieckie (które określił jako „krwawą łaźnię”) ukrywać w pobocznych zdaniach. Giordano uznał to za pogwałcenie jego zasady niepodzielnego humanizmu.
Krytyka i kontrowersje
W sprzeczności z deklarowanymi celami pozostają niektóre działania Centrum, np. pewne treści prezentowane na stronach internetowych Centrum, szczególnie tabela wysiedleń, pomniejszająca liczbę ofiar niemieckich represji, a powiększająca liczbę niemieckich ofiarChronik der Vertreibungen europäischer Völker im 20. Jahrhundert.. Centrum zrealizowało wystawę Erzwungene Wege, w której wykorzystało także eksponaty uzyskane z Polski, często bez zgody i wiedzy właścicieli. Centrum zarzuciło polskim władzom, że wymusiły wycofanie niektórych eksponatów, natomiast zignorowało niechęć do wystawy dużej części polskiego społeczeństwa.