Do wiadomości można dołączyć podpis kryptograficzny w celu umożliwienia weryfikacji jej integralności oraz tożsamości nadawcy.
GPG jest programem do szyfrowania hybrydowego, gdyż używa kombinacji tradycyjnych szyfrów symetrycznych (szybszych) i kryptografii klucza publicznego (łatwa i bezpieczna wymiana kluczy – na przykład przez użycie klucza publicznego odbiorcy do zaszyfrowania klucza sesji używanego tylko raz). Ten tryb pracy jest częścią OpenPGP i był zawarty w PGP od jego pierwszej wersji.
Ponieważ GPG można dowolnie rozprowadzać, nie może ono używać opatentowanych lub w inny sposób ograniczonych algorytmów lub oprogramowania. Z tego powodu obecny w PGP niemal od początku algorytm IDEA włączono do oficjalnego wydania GPG dopiero po wygaśnięciu ostatnich patentów, co nastąpiło w 2013 roku. Wcześniej wykorzystywanie tego algorytmu także było możliwe, ale wymagało doinstalowania odrębnej wtyczki.