Wybuch II wojny światowej w 1939 roku spowodował rozwiązanie sekcji sportowych. Po kapitulacji miasta stadion znalazł się w posiadaniu Niemców. Okupanci dbali o obiekt, gdyż w trakcie okupacji odbywały się na nim zawody dla żołnierzy Wermachtu. Obiektem zarządzał Wilm Hosenfeld.
Stadion ucierpiał podczas ofensywy Armii Czerwonej i Wojska Polskiego w styczniu 1945. Zrujnowany obiekt wymagał renowacji. Głównie zdewastowane były pomieszczenia pod trybuną, jak i widownie na niej, korty tenisowe, basen oraz boiska treningowe, które nosiły ślady artylerii użytej podczas działań wojennych. Po zakończeniu wojny patronat nad stadionem przejęła wojskowa komenda miasta.
Odbudowa po II wojnie światowej i pierwsze zawody na odrestaurowanych obiektach thumb|Na „Żylecie” podczas meczu, Derby Warszawy 2005 1 maja 1945 roku w Święto Pracy Legia rozegrała pierwszy powojenny mecz na Stadionie Wojska Polskiego. Przeciwnikiem była lokalna Syrenka, a spotkanie zakończyło się remisem 3-3.