W nowej drużynie zadebiutował 4 lutego tego samego roku w spotkaniu Pucharu Grecji z Panserraikosem, a 8 lutego 2009 w meczu z PAOK-iem Saloniki (3:0) debiutował w greckiej Super League
4 kwietnia 2009 po meczu ze Skodą Ksanti wykryto w jego organizmie niedozwolone środki dopingowe i z tego powodu został zwolniony z greckiego klubu. Zgodnie z przepisami Światowej Agencji Antydopingowej (WADA) i statutem Międzynarodowej Federacji Piłkarskiej (FIFA) Jakub Wawrzyniak, który został w Grecji zawieszony na rok za stosowanie dopingu, nie mógł grać nie tylko w Polsce, ale także w żadnym innym kraju. Od 22 stycznia 2010 decyzją Trybunału Arbitrażowego ds. Sportu w Lozannie mógł ponownie rozgrywać mecze.
Po powrocie do Legii był związany z klubem kontraktem do 30 czerwca 2011. Po jego wygaśnięciu podpisał nową 3-letnią umowęEkstraklasa. Wawrzyniak z nowym kontraktem.. 18 listopada 2012 roku, w meczu wyjazdowym z Lechem Poznań, rozegrał setny mecz ligowy w barwach Legii Warszawa.
Pod koniec lutego 2014 roku został zawodnikiem rosyjskiego Amkara Perm. W tamtejszej Priemjer-Liga debiutował 10 marca 2014 w wygranym 5:1 spotkaniu z Wołgą Niżny Nowogród a jedenaście dni później w meczu z FK Rostov strzelił swoją pierwszą bramkę w lidze rosyjskiej.