Superman W 1978 r. Lester podjął się reżyserii Supermana. Pod koniec 1978 r. Salkindowie zwolnili reżysera drugiej części, Richarda Donnera, zastępując go Lesterem, który większość filmu wyreżyserował na nowo, przez co został wymieniony jako jedyny reżyser Supermana II (1980). Gene Hackman, grający Lexa Luthora, odmówił gry, więc Lester użył scen dubli oraz dublerów aktora do ukończenia filmu. Wiele takich scen zostało później wykorzystanych w adaptacji na potrzeby telewizji. W listopadzie 2006 r. sceny bez Luthora zostały przedstawione po ich ponownym montażu jako Superman II: The Richard Donner Cut.
Lester powrócił jeszcze do postaci Supermana, reżyserując Superman III (1983).
Późniejsze lata Pod koniec lat 80. Lester ponownie zwołał zespół aktorski z filmów o muszkieterach, by wyreżyserować kolejny sequel, Powrót muszkieterów. Podczas pleneru filmowego w Hiszpanii bliski przyjaciel Lestera, aktor , zginął tragicznie, upadając z konia. Lester dokończył film i postanowił zakończyć karierę reżyserską. Wrócił tylko by wyreżyserować teledysk dla swego przyjaciela, Paula McCartneya pt. Get Back (1991).