Kampania spotkała się z krytyką ze strony organizacji LGBT, części mediów i środowiska naukowego. Polskie Towarzystwo Seksuologiczne w swoim stanowisku stwierdziło, że „przypisywanie osobom homoseksualnym szczególnej skłonności do seksualnego wykorzystania dzieci stanowi nieuprawnione nadużycie”. WHO i RPO wyraziły sprzeciw wobec treści publikacji fundacji. Większość informacji przekazywanych przez fundację została negatywnie zweryfikowana przez media i uznana za homofobiczną.
Za kampanię „Stop Pedofilii” prezes fundacji Mariusz Dzierżawski został w 2023 roku skazany przez Sąd Rejonowy w Gdańsku za zniesławienie. Sąd uznał, że przekazy w ramach kampanii należy uznać za mowę nienawiści. Wyrok został utrzymany w mocy przez Sąd Okręgowy w Gdańsku w 2024 roku.
Rozprawy sądowe przeciwko fundacji Łukasz Wróbel, były prezes Fundacji Pro – prawo do życia, odpowiadał na zarzut umieszczenia w miejscu publicznym nieprzyzwoitych treści w czterech rozprawach sądowych z art. 51 § 1 lub 141 Kodeksu wykroczeń. Sprawy dotyczące zarzutów były rozpatrywane przez sądy w Lublinie, Białymstoku, Łodzi i Opolu.