Gdy zmarła Maria Ludwika (12 lutego 1689), rozeszła się wieść, że to Olimpia Mancini na zlecenie Marianny ją otruła. Jednak to były absurdalne plotki. Oficjalnie potwierdzono, że Maria Ludwika zmarła z powodu zapalenia wyrostka robaczkowego. Podobno Marianna mocno przeżywała śmierć swojej synowej, gdyż traktowała ją jak swoją córkę. Po śmierci Marii Ludwiki Karol ożenił się ponownie, tym razem z księżniczką niemiecką - Marią Anną Wittelsbach. Nowa synowa zachowywała się od początku wrogo i ostrożnie wobec swojej teściowej, wiedząc, że wpływ dawnej regentki może jej poważnie zagrozić. Toczyła się pomiędzy nimi cicha walka o władzę.
Jej plany Marianna wiedząc, że jej syn - Karol nigdy nie będzie miał dziedzica, natychmiast rozpoczęła staranie o sukcesję hiszpańską. Chciała, aby w razie bezpotomnej śmierci tron miałby objąć jej prawnuk Józef Ferdynand Wittelsbach, który niestety zmarł w 1699, w trzy lata po śmierci prababki. Zaś jej synowa - królowa Maria Anna chciała, aby tron po śmierci męża miałby objąć jej bratanek - cesarz Karol VI Habsburg. Prawdopodobnie właśnie z tego powodu obydwie wzajemnie się nienawidziły.