Ceremoniom pogrzebowym przewodniczył w dniu 11 września 1918 ordynariusz Fryburga biskup dr Placidus Colliard.
Proces beatyfikacyjny O. Franciszek Maria od Krzyża Jordan cieszył się nieustanną opinią świętości (fama sanctitatis) za życia, w chwili śmierci i po swojej śmierci. Proces beatyfikacyjny rozpoczął się w 1942. Po ekshumacji w 1956 jego szczątki przewieziono i złożono w kaplicy domu generalnego salwatorianów w Rzymie. 14 grudnia 2006 postulacja salwatoriańska przekszała do Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych Positio super vita, virtutibus et fama sanctitatis Sługi Bożego o. Franciszka Marii od Krzyża Jordana. 5 czerwca 2007 podczas kongresu Komisji Historycznej w Kongregacji ds. Beatyfikacji i Kanonizacji Positio zostało pozytywnie przyjęte i przekazane do Komisji Teologicznej. 14 stycznia 2011 Benedykt XVI zlecił Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych wydanie dekretu o heroiczności cnót. Prefekt Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych kard. Angelo Amato 19 marca 2011 promulgował w domu generalnym Salwatorianów w Rzymie dekret potwierdzający heroiczność cnót ojca Franciszka Marii od Krzyża Jordana. 15 maja 2021 w bazylice św. Jana na Lateranie odbyła się jego beatyfikacja.