W zbiorach jednostki można wyróżnić następujące działy tematyczne:
archeologia paleontologia archiwalia etnografia fotografia meble militaria numizmatyka rzemiosło sztuka zbiory biblioteczne. Jedynym z najcenniejszych zabytków w zbiorach Muzeum w Jarosławiu Kamienica Orsettich jest słynąca łaskami ikona Matki Boskiej Jarosławskiej, zwana Bramą Miłosierdzia, pochodzący z Cerkwi Przemienienia Pańskiego w Jarosławiu. W latach 90. XX wieku ikona powróciła do świątyni jako bezterminowy depozyt.
Wystawy stałe Ekspozycję stałą muzeum otwiera wystawa poświęcona najstarszym dziejom okolic Jarosławia - od epoki lodowcowej (ok. 20 tysięcy lat temu) aż do późnego średniowiecza. Kolejna ekspozycja opowiada o okresie największej świetności miasta w XVI i XVII wieku. Dalsza część wystaw stałych obejmuje stylizowane wnętrza mieszczańskie od XVII do początku XX wieku, w które wkomponowano muzealia i pamiątki ilustrujące przeszłość regionu. Na parterze znajduje się Wielka Izba – dawne pomieszczenie reprezentacyjne, z zachowaną oryginalną, XVII-wieczną posadzką ze szkliwionych cegieł – tzw. olstrychu – oraz strop z belek modrzewiowych. Jest też portal z okresu renesansu o cechach ormiańskich, przeniesiony do Muzeum z kamienicy przy ulicy Grodzkiej 3 w Jarosławiu. Na I piętrze budynku można oglądać pomieszczenia od 1.